督查內容主要包括食源性疾病監測、化學污染物及有害因素監測、食源性致病菌監測、學生營養監測評估、質量管理、經費使用等方面。督查方式分市級自查和省級抽查。其中省級抽查——選擇2至3個市州進行現場督查，了解工作進展和存在的問題。現場督查市州疾病預防控制機構、食源性疾病監測哨點醫院和實施學生營養餐學校，通過現場查看工作條件和實際工作情況、查閱工作記錄等方式了解相關工作任務落實情況。